O processo formativo inicialmente disponibilizado pelo Saiba a Fundo presume uma estrutura inicial composta por 8 módulos, sendo os primeiros de caráter introdutório e os cinco subsequentes tidos como módulos de aprofundamento. Assim como o nome propõe, entende-se como introdutório mobilizar o conhecimento basilar capaz de dar aporte às informações de maior complexidade. Nesse sentido, os módulos introdutórios servem como alicerce para dar significado de que o financiamento do SUS trata-se muito além de disponibilização de recursos, mas também, e principalmente, trata-se de propiciar condições para funcionamento com qualidade desse sistema e das políticas públicas de saúde (em uma dimensão mais ampla). Por outro lado, os módulos de aprofundamento apresentam uma estrutura mais detalhada de todas as fases pelas quais a viabilização do recurso passa. O último módulo, que corresponde à Tomada de Contas Especial, é abordado no intuito de disponibilizar conhecimento sobre o que acontece quando o recurso sinaliza não ter sido adequadamente utilizado. Todavia, a intenção desta trilha é focalizar habilidades e competências não só para fomentar a boa utilização, mas para qualificar o financiamento como um todo. Por isso, propõe-se que cada módulo de aprofundamento tenha uma unidade sobre gestão risco com uma abordagem prática a fim de evitar processos de TCE e, por consequência, qualificar a realização do fluxo do financiamento.